Du denkst daran, eine Mikrobiomanalyse zu machen? Dann solltest du davor lesen, was die MCAS-Spezialistin Dr. Corinna Geiger dazu sagt!
Immer wieder sitzen erwartungsvolle Patienten mit einer kompletten Analyse ihres Mikrobioms in meiner Sprechstunde vor mir. Sie hoffen, dass wir damit endlich den Schlüssel zu Ihren Beschwerden in den Händen halten. Denn diese Analysen sind ja wirklich teuer . . . Doch ganz so einfach ist es leider nicht!
Mikrobiomanalyse: Die Präanalytik
Unter Präanalytik versteht man in der Labormedizin alle Prozesse, die vor der eigentlichen Messung stattfinden: Probengewinnung, Probentransport, Probenlagerung und Probenvorbereitung. Für die meisten Mikrobiomanalysen wird einfach zu Hause eine Stuhlprobe abgenommen und diese dann am selben Tag ins Labor gebracht. Da kann ja eigentlich nicht viel schief gehen, oder? Naja . . . Es gibt in unserer Darmflora so genannte aerobe und anerobe Keime – mit anderen Worten Bakterien, die nur mit Sauerstoff oder aber nur unter Ausschluss von Sauerstoff wachsen können.
Warum Luft im Probegefäß ein Problem ist
Im Probengefäß befindet sich allerdings kein Vakuum, sondern Luft: Also werden die Bakterien bevorzugt, die unter aeroben (mit Sauerstoff) Bedingungen wachsen können – die anderen sterben unter Umständen schon auf dem Transport ins Labor ab. Und damit ändert sich bereits das Ergebnis. Das könnte man nur vermeiden, indem der Stuhl sofort nach Abnahme gefriergetrocknet wird.
Mucosa- vs. Lumenmikrobiom
Unser Mikrobiom hat zwei Lebenswelten: den Darminhalt und die Darmschleimhaut bzw. die Schleimschicht auf der Darmschleimhaut. Das Mikrobiom, das direkt auf unserer Schleimhaut sitzt ist extrem wichtig. Es steuert, welche Keime bis auf unsere Schleimhaut durchkommen und direkt mit unserem Immunsystem interagieren. Sie sind entscheidend dafür, ob im Darm ein entzündliches Milieu herrscht oder unser Immunsystem gut ausbalanciert ist. Diese Keime bleiben aber genau dort, wo Sie hingehören – nämlich in der Schleimschicht der Darschleimhaut. Und zwar, weil sie ohne die Mucosaccharide (Schleimbestandteile) nicht überleben können. Mit anderen Worten – dieser wichtige Teil des Mikrobioms findet sich kaum im Stuhl und kann daher nicht mit der herkömmlichen Mikrobiomanalyse erfasst werden.
Was in der Mikrobiomanalyse erfasst wird
Es werden nur Bakterien erfasst – und zwar nur die Bakterien, die in der angelegten Kultur wachsen. Wir wissen jedoch, dass Pilze und insbesondere auch Viren (so genannte Phagen) ganz besonders wichtig für das Gleichgewicht und die entzündliche/antientzündliche Aktivität des Mikrobioms sind. Leider sind diese auch um ein Vielfaches schwieriger zu messen,. Daher sehen wir hier in der Forschung auch weniger Fortschritt.
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Wie man eine Mikrobiomanalyse interpretiert
Es gab eine sehr gut gemachte Studie in Nature, die bereits im Jahr 2012 gezeigt hat, dass in einer gesunden Population die Zusammensetzung des Darmmikrobioms extrem schwanken kann. Das zeigt diese Grafik:
In der oberen Grafik sind die 242 Studienpatienten nebeneinander aufgetragen. Die Höhe der jeweiligen Farbbalken spiegeln die Menge der unterschiedlichen Bakterienstämme wider. Man sieht, hier gibt es wirklich starke Unterschiede. Die untere Grafik zeigt das so genannte Metabolom derselben 242 Patienten an. Und da gibt es praktisch keine Unterschiede. Das heißt: Der „metabolische Output“ ist trotz erheblicher Unterschiede im Mikrobiom praktisch gleicht. Damit lässt sich vom Mikrobiom nicht klar auf Stoffwechselprozesse rückschließen.
Stichwort Ernährung
Die Ernährung spielt in der Mikrobiomzusammensetzung neben genetischen Faktoren und vorangegangener Antibotikatherapie mit Sicherheit die wichtigste Rolle. Wir wissen, dass Patient:nnen mit Magen-Darm-Beschwerden leider häufig den Fehler machen, austesten zu wollen, welches Nahrungsmittel „nicht vertragen“ wird. Sie durchlaufen zahlreiche Exklusionsdiäten.
Exklusionsdiäten können die Darmflora verarmen lassen
Leider kann es schon nach zwei Wochen einer solchen Diät zum Absterben der jeweiligen Darmbakterien kommen, die für die Metabolisierung der exkludierten Lebensmittel notwendig sind. Daher verarmt die Darmflora durch Exklusionsdiäten unter Umständen innerhalb kurzer Zeit. Und die Beschwerden werden eventuell sogar schlimmer. In der Mikrobiomanalyse, die ja so oft eher spät im Beschwerdeverlauf gemacht wird, zeigt sich damit eigentlich immer eine reduzierte Diversität. Ob das durch die vorangegangenen Diäten bedingt ist, oder vielleicht schon immer so war und es einen Krankheitswert hat, können wir dann nicht mehr sagen.
Wenn wir also eine Mikrobiomanalyse bewerten wollen, müssen wir immer ein Ernährungstagebuch in den zwei bis drei Wochen vor Abnahme der Stuhlprobe mitbewerten.
Mikrobiomanalyse: Dr. Corinna Geigers Fazit
Da es keine Normwerte für die Zusammensetzung des Mikrobioms gibt und es sich beim Ergebnis immer um eine Momentaufnahme handelt, die sehr schnell und stark schwanken kann und zusätzlich die Möglichkeit einer gezielten Modulation fehlt, macht die Mikrobiomanalyse, wie wir sie kennen, im Moment wenig Sinn. Ich greife daher lieber auf andere Werte und Untersuchungen zurück.
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Frequently Asked Questions (FAQs)
Nein, in der Regel musst du die Untersuchung komplett selbst zahlen. Da der Schulmedizin einheitliche Normwerte fehlen, um die Mikrobiomanalyse als Standard-Diagnose anzuerkennen, beteiligen sich die gesetzlichen Kassen derzeit nicht. In Deutschland läuft das Ganze als Selbstzahler- oder IGeL-Leistung, und auch in Österreich gibt es von ÖGK, SVS und Co. keinen Zuschuss. Je nachdem, wie tief das Labor in deine Gene schaut, liegt die Rechnung meist zwischen 100 und 350 Euro. Private Zusatzversicherungen können in beiden Ländern je nach Vertrag und Tarif die Kosten übernehmen.
Lieber nicht, denn das kann deine Ergebnisse beeinflussen. Wenn du täglich Kapseln oder Pulver mit lebenden Bakterienkulturen schluckst, können diese die im Stuhl nachweisbaren Mikroorganismen beeinflussen. Dein Mikrobiom kann dadurch anders aussehen als ohne die Einnahme. Um ein möglichst unverfälschtes Bild zu bekommen, solltest du Probiotika, Präbiotika und auch stark fermentierte Lebensmittel (wie Kombucha, Wasserkefir oder rohes Sauerkraut) vor dem Test pausieren. Wie lange eine Pause sinnvoll ist, hängt vom jeweiligen Präparat und der Fragestellung ab und sollte mit dem Labor abgestimmt werden.
Nein, direkt nach der Antibiotika-Kur macht das in der Regel keinen Sinn. Die Medikamente reduzieren die Bakterienstämme im Darm radikal. Ein Test direkt im Anschluss zeigt dir also nur eine vorübergehende Momentaufnahme und hat nur eingeschränkte Aussagekraft darüber, wie gut sich deine Darmflora in den Wochen danach von alleine wieder aufbaut. Warte nach der letzten Tablette je nach Fragestellung und gewünschter Aussagekraft mit der Stuhlprobe. Erst wenn sich das Mikrobiom wieder weitgehend eingependelt hat, kann die Analyse sinnvollere Daten für einen gezielten Darmaufbau liefern.
Nein, eine SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) lässt sich durch eine normale Stuhl-Mikrobiomanalyse nicht feststellen. Bei einer SIBO vermehren sich Bakterien im Dünndarm, während eine Stuhlprobe vor allem Aufschluss über die Mikroorganismen gibt, die im Dickdarm vorkommen. Bestimmte Auffälligkeiten im Mikrobiom können zwar Hinweise auf eine veränderte Darmflora geben, beweisen aber keine SIBO. Zur Abklärung einer SIBO werden in der Regel Atemtests mit Glukose oder Laktulose eingesetzt. Dabei werden Wasserstoff und Methan in der Ausatemluft gemessen.
Quellen und Literatur
- Serena Porcari, Benjamin H. Mullish, Francesco Asnicar, et al. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2025;10(2):154-167.
- Sandra M. M. C., et al. Microbiome testing in Europe: navigating analytical, ethical and regulatory challenges. Microbiome. 2024;12:217.
- Monika Cahová, Lucie Najmanová. Opinion of an international panel of experts on the clinical use of microbiome testing. Cas Lek Cesk. 2025;164(2):68-72.
- Christopher Staley, Thomas Kaiser, Alexander Khoruts. Clinician Guide to Microbiome Testing. Dig Dis Sci. 2018;63(12):3140-3151.
- Human Microbiome Action Consortium. State of the art and the future of microbiome-based biomarkers: a multidisciplinary Delphi consensus. Lancet Microbe. 2024;5(11).
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